Cuando el grupo de próceres que organizaba la separación de Colombia en 1903, cayó en cuenta de que necesitaban a alguien que diseñara una bandera para la embrionaria nación, su líder, el Dr. Manuel Amador Guerrero, no buscó muy lejos.

La responsabilidad recayó nada menos que en su hijo, Manuel Encarnación Amador, fruto del matrimonio del médico con María de Jesús Terreros.

Nacido el 25 de marzo de 1869 en Santiago de Veraguas, Manuel E. Amador fue pintor, lingüista, diplomático y ministro de Estado; pero es su estatus de padre del Pabellón lo que lo ha inmortalizado.

Un mes antes de la separación, el futuro ministro plenipotenciario de la República de Panamá, Phillipe Bunau-Varilla, le presentó a Manuel Amador Guerrero en Nueva York un diseño de bandera, que luego Amador mostró en el Istmo al resto de los próceres. Estos la rechazaron unánimemente. ¿La razón? Era casi una copia de la bandera de EE.UU.

El diseño que sí caló en la conciencia nacional nació en secreto la noche del 1 de noviembre de 1903, de la imaginación de Manuel. Su madrastra Doña María Ossa de Amador, su cuñada Angélica Bergamota de la Ossa y su sobrina María Emilia de la Ossa, hija de Angélica, elaboraron el lienzo.

Parte del trabajo se hizo en la residencia de Angélica, y se concluyó en una casa cercana que estaba desocupada, con una sola máquina de coser. La tela fue comprada en tres locales de la ciudad: Bazar Francés (lanilla blanca), La Delia (lanilla azul) y La Villa de París (lanilla roja). Al final tres banderas fueron confeccionadas; dos grandes y una pequeña, que fue enviada a EE.UU.

Tras el éxito de la gesta, una de las banderas fue paseada por las principales calles el martes 3 de noviembre por Alejandro de la Guardia.

Fue bautizada el 20 de diciembre en la Plaza de la Independencia por el padre Bernardino de la Concepción García. Los padrinos fueron el doctor Gerardo Ortega, doña Lastenia U. de Lewis, don José Agustín Arango y doña Manuela M. de Arosemena.

La Asamblea Constituyente, mediante Ley 64 de 1904, la ratificó, pero invirtiendo los cuadrantes: el rojo a la derecha, arriba y el azul a la izquierda, abajo.

Los cambios fueron ratificados con la Ley 4 de 1925 y la Ley 28 de marzo de 1941.